مسجد جامع یزد مسجدی است که به طور مستمر در دوره های تاریخی مختلف ازجمله دوره تیموری شکل گرفته و بسیاری از صاحب نظران آن را از آثار مشهور دوره تیموری می دانند. همزمان با دوره تیموری، در غرب و مرکز ایران، حکومت ترکمانان قویونلو حاکم بودند و مسجد مظفریه تبریز مهمترین اثر از این دوره است که در مورد سبک معماری آن ابهامات زیادی به وجود آمده است. منابع کمی در مورد وجوه تمایز معماری ترکمانی و معماری تیموری وجود دارد و بسیاری معماری ترکمانی را در زیرمجموعه معماری تیموری معرفی نموده اند. هدف این تحقیق مقایسه تطبیقی مسجد مظفریه تبریز و مسجد جامع یزد است تا به این سوال پاسخ داده شود: وجوه افتراق و اشتراک دو مسجد شاخص مظفریه تبریز و جامع یزد درکدام بخش از مساجد مذکور متجلی شده است؟ وجوه اشتراک دو مسجد می تواند منجر به یافتن وجوه اشتراک معماری ترکمانی و تیموری گردد و دلیلی بر تقویت نظریه اصالت ایرانی مسجد مظفریه است و وجوه افتراق دو مسجد تمایزات ظریف دو سبک معماری ترکمانی و تیموری را بیان می نماید؛ نتایج پژوهش تشابه ساختار پلان و گنبدخانه مسجد مظفریه و مسجد جامع یزد را نشان داد؛ در عین حال سلسله مراتب ورودی-شبستان -گنبدخانه در مسجد مظفریه نسبت به سایر بناهای تیموری منحصربفرد است. در تزیینات مسجد مظفریه غلبه تزیینات گنبدخانه با کاشی کاری معرق و ترکیب کاشی های معرق طرح اسلیمی محاط در اشکال هندسی با رنگ زمینه لاجوردی و آجر است که نشان دهنده اوج این هنر در معماری ترکمانی نسبت به تیموری است.
